美国国际宗教自由委员会(简称USCIRF)警告称，尽管印尼联邦政府已采取措施改善国内宗教少数群体的处境，该国宗教自由状况仍十分严峻。

这个由两党共同组建的机构负责向美国国务院提出建议，决定哪些国家应被列入“特别关注国”名单——即那些严重侵犯宗教自由的国家。该机构在报告中承认，印尼已采取措施促进宗教宽容，减少宗教动机恐怖主义事件。同时警告称，该国所作努力仍远远不够。

报告指出：“该国还持续运用法律框架——包括总统令和《刑法典》——来监管宗教活动、将亵渎行为定为犯罪，并广泛侵犯宗教或信仰自由。”

美国国际宗教自由委员会基于代表团五月对这个穆斯林占多数国家的访问，得出上述结论。此时距离普拉博沃·苏比安托当选总统还不到一年。

印尼宗教自由面临的持续挑战之一，源于宗教团体建造新礼拜场所须获许可的规定。这项2006年实施的法规要求宗教团体提交90名信徒名单、获得60户不同信仰家庭的支持证明，并取得宗教领袖及当地宗教和谐论坛(Interfaith Harmony Forum)的推荐函。

宗教少数群体因被指控规避新建礼拜场所许可要求而遭遇抗议和暴力。今年早些时候，一群穆斯林因天主教堂在多功能建筑内举行弥撒而发起抗议，坚称在该地举行宗教活动必须获得许可。

六月，约200名穆斯林暴徒冲进一处基督徒青年静修所，声称其使用该场所属非法行为。房屋遭到破坏，数十名儿童被迫逃离。

报告还指出，印尼民众因涉嫌批评主流宗教而违反亵渎法，面临七个月至三年不等的监禁。委员会成员担忧，即将修订的亵渎法将扩大适用范围，涵盖被定为“基于宗教的敌意”以及“侮辱”或“诋毁”特定宗教的行为或言论。

美国国际宗教自由委员会还指出，印度尼西亚正在修订《刑法典》，禁止将脱离特定宗教的行为定为叛教罪。

尽管印度尼西亚教育部已禁止地方当局强制女学生佩戴头巾，但全国仍有70多项地方条例要求妇女和女孩佩戴穆斯林头巾。地方政府还禁止咖啡馆和卡拉OK厅在斋月期间营业，在逊尼派穆斯林控制的地区，情人节也被明令禁止。

印尼对宗教少数群体权利的敌视或漠视还体现在：未能充分回应2023年10月7日以色列恐怖袭击事件后爆发的抗议活动。

美国国际宗教自由委员会在报告中补充指出，该机构建议国务院将印尼列入宗教自由侵犯国家特别观察名单，但其严重程度尚未达到“特别关注国”级别。

国务院上次公布特别关注国及特别观察名单是在2023年12月，时值前总统乔·拜登任内，印尼未被列入任何名单。